O município de Wagner surgiu às margens do rio Utinga devido à criação de um colégio - O Instituto Ponte Nova (I.P.N.), em 1906 por missionários presbiterianos oriundos dos Estados Unidos que formaram a Missão Central do Brasil, destacando-se o médico norte americano Walter Welcome Wood. Antes de se chamar Wagner, a localidade teve outras denominações - Ponte Nova e Itacira.